Η Άρτα και το Δεσποτάτο της Ηπείρου

Το 1204, μετά την Τέταρτη Σταυροφορία, η περιοχή της Άρτας («pertinentia de Arta») παραχωρήθηκε στη Βενετία με τη συνθήκη Partitio Romaniae. Το 1205 ο Μιχαήλ Α' Κομνηνός Δούκας ίδρυσε το Δεσποτάτο της Ηπείρου, με πρωτεύουσα την Άρτα για μεγάλο μέρος της ιστορίας του. Τα χρόνια 1227–1230 πρωτεύουσα ήταν η Θεσσαλονίκη, όταν ο Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας επεκτάθηκε.

Ο 13ος αιώνας

Γύρω στο 1259–1260, μετά τη μάχη της Πελαγονίας, ο Μιχαήλ Η' Παλαιολόγος κατέλαβε την Άρτα από τον Μιχαήλ Β', που την ανακατέλαβε έως το 1260. Την ίδια περίοδο χτίστηκαν οι σπουδαιότεροι ναοί: η Κάτω Παναγιά και η Παντάνασσα από τον Μιχαήλ Β' και η Παρηγορήτισσα, νέος καθεδρικός ναός του Δεσποτάτου, επί Νικηφόρου Α' Κομνηνού Δούκα.

Από τον 14ο αιώνα ως το τέλος

Το 1313 μια μεγάλη φωτιά κατέστρεψε μεγάλο μέρος της πόλης. Το 1337 ο Ανδρόνικος Γ' έφερε την Ήπειρο υπό αυτοκρατορική διοίκηση και το 1347 η περιοχή πέρασε στον Στέφανο Δουσάν. Το 1356 ο Νικηφόρος Β' ανασύστησε το Δεσποτάτο, με πρωτεύουσα τα Ιωάννινα. Μετά το 1367 οι Αλβανοί έκαναν την Άρτα κέντρο του Δεσποτάτου της Άρτας, και το 1416 την κατέλαβε ο Κάρολος Α' Τόκκος. Οι Οθωμανοί λεηλάτησαν την πόλη το 1384 και την κατέλαβαν το 1449.